Příběh kliniky, který několik let zaměstnával sdělovací prostředky i politiky začal v roce 2014, kdy objekt vlastněný státem, jenž úředníci z Úřadu pro zastupování státu ve věcech majetkových nechali ležet pět let ladem, obsadila nelegálně skupina levicových aktivistů. O rok později jejich okupaci nemovitosti stát po intervenci tehdejšího ministra financí Andreje Babiše legalizoval a pronajal za symbolické nájemné aktivistům na rok. Cestu k této dohodě otevřelo tehdejší politické spojenectví ANO s žižkovskou buňkou Zelených, jejichž projekt Žižkov (nejen) sobě oligarcha v komunálních volbách podporoval – v čele kandidátky tehdy stál syn jednoho z tehdejších lídrů Babišova hnutí, Matěj Stropnický. Tato podpora ostatně Babišovi mu umožnila také ovládnout na čtyři roky magistrát hlavního města a dosadit do primátorského křesla Adrianu Krnáčovou.
Kontroverzní dohoda Zelených a ANO, na jejímž základě stát „přihrál“ aktivistům naprosto netransparentně bez výběrových řízení objekt, nicméně odstartovala vleklý vyhrocený spor o tom, co Autonomní centrum Klinika v následujících několika letech na Žižkov přinesla. Podle kritiků šlo o nelegální squat, který před „vynuceným“ nájmem a pak další roky po jeho skončení, umožňoval skupině levicových aktivistů bezplatný bujarý odvaz na úkor zájmů místních obyvatel. Příznivci Kliniky pak argumentovali tím, že ve zchátralé budově probíhaly přednášky, jazykové kurzy, divadelní a hudební představení, či rukodělné dílny. Podle nich navíc bez podpory ze státních peněz.
Jeden z nejznámějších kritiků aktivistů z Kliniky, bývalý starosta za ODS Alexander Bellu tyto argumenty ale odmítá.
„Provoz Kliniky vyvolával konflikty s místními obyvateli. A moc neberu ani argumenty o „prospěšnosti“ a bezplatnosti služeb, které tzv. autonomní centrum provozovalo. Předně bylo dotováno už tím, že mělo objekt zapůjčený za symbolických finančních podmínek. Hlavně jde ale o to, že neziskové služby prostě nemůžete dělat tak, že obsadíte barák a pak to začnete omlouvat údajnou veřejnou prospěšností své přítomnosti s tím, že se nikomu nebudete zodpovídat. Na Praze 3 působí celá řada neziskovek, které radnice či město podporuje, a ony za to vykazují výsledky své práce. Za mě šlo v případě Kliniky primárně o nelegální squat. Jediný přínos, který celá ta anabáze měla, vidím v tom, že donutila stát, aby se o objekt v jeho vlastnictví, který na území městské části ležel pět let ladem, začaly úřady opět smysluplně starat,“ říká Bellu.
Kontroverzní projekt ve vynuceném nájmu se na jedné straně dočkal ocenění od Nadace Charty 77, na straně druhé, se ocitnul ve výročních zprávách bezpečnostních složek státu o vývoji extremismu v části věnované krajní levici. Proti přítomnosti aktivistů se nakonec ostře vymezila i žižkovská radnice. Důvodem byl útok na kliniku zápalnými lahvemi, který měli na svědomí radikálové z opačného extrémního pólu politického spektra a také informace o tom, že aktivisté z kliniky cvičí radikály na střety s ozbrojenými složkami státu při demonstracích.
Aktivisté žižkovskou budovu odmítli podle všeobecných očekávání po skončení roční zápůjčky opustit a stát zase odmítl smlouvu prodloužit. Po zdlouhavé právní bitvě nakonec vydal pražský městský soud v září 2018 pravomocný rozsudek o vyklizení objektu, který potvrdil ústavní soud s tím, že nelze tolerovat okupaci cizích objektů bez právního důvodu jen proto, že nejsou využívány. Proti rozsudku se na žižkovské radnici naopak vymezili tradiční podporovatelé squatterů – Strana Zelených, která se mezitím stala součástí radniční koalice v čele se starostou Jiřím Ptáčkem. Podle tehdejšího prohlášení současného místostarosty Prahy 3 Ondřeje Ruta pravomocný soudní verdikt nebylo třeba naplnit nuceným vyklizením. Zelení i TOP 09 starosty Ptáčka se pokusili Autonomnímu centru Klinika pomoci ještě návrhem, aby objekt převedl drážní úřad na hlavní město, ten však stát nevyslyšel.
Exekutor a Správa železnic, na kterou stát budovu mezitím převedl, se s výkladem Zelených ale neztotožnila, a poslala v polovině ledna 2019 do squatu exekutora. Z vyklizení se stala mediální show, která několik dní plnila média záběry nepořádku, který v budově panoval, či aktivisty protestujícími na střeše za komínem.
Po několika dnech byl objekt prázdný, železniční správa hodlá dokončit jeho rekonstrukci během příštích dnů. Kromě úředníků drážního úřadu by zde měly být ordinací lékařů, část prostor má sloužit pro volnočasové aktivity dětí. Výběrové řízení ale zatím není ukončené, opakuje se i tendr na pronájem ordinací, o které v době pandemie nebyl zájem.
Bývalý squat, zde aktuálně připomínají anarchistické symboly nasprejované na stavebním plotě, za nímž dělníci finišují poslední práce. Je to připomínka absurdního příběhu, jehož hlavními postavami nebyli ani tak levicoví aktivisté, jako spíš politici, kteří si jejich squat zakalkulovali do svých politických strategií v rámci námluv Zelených s Babišovým hnutím. Námluv, u nichž se oba aktéři dnes snaží tvářit, že vlastně nikdy neexistovaly.